海军建设面临的首要挑战是资源分配问题。海军单位通常需要消耗大量钢材、橡胶和石油，这些资源在游戏前期本就紧缺。玩家需要在陆军、空军和海军之间做出艰难选择，过早投入海军建设可能导致陆军力量不足，无法有效防御或扩张。海军建筑如船坞和海军基地的升级成本高昂，且建造时间较长，这进一步加剧了资源压力。如何平衡资源分配，确保海军建设不影响整体发展节奏，是玩家需要解决的首要难题。
海军单位的特殊性带来了操作复杂度上的挑战。与陆军不同，海军移动受限于水域地形，玩家需要提前规划航线并考虑补给线问题。海军作战还涉及舰船编队、阵型调整等复杂操作，对玩家的战术素养要求较高。不同类型的海军单位如驱逐舰、战列舰、航母等各有优缺点，如何根据战场情况合理搭配和使用这些单位，需要玩家具备一定的海军作战知识。游戏中的海军AI行为有时不够智能，这也增加了操作难度。
海军建设还面临战略价值与投入成本不匹配的挑战。在某些地图或游戏模式下，海军的作用相对有限，无法像陆军那样直接决定战局走向。海军单位通常造价昂贵但容易被针对性克制，例如航母容易被敌方战斗机群压制。海军在攻城略地方面的作用不如陆军直接，更多承担辅助角色。这种投入产出比的不确定性，使得许多玩家对海军建设持观望态度，除非特定战术需要或地图强制要求，否则倾向于优先发展陆军和空军。
技术研发路径的选择是海军建设的另一大挑战。游戏中的海军科技树分支较多，玩家需要在舰船装甲、火力、速度等不同方向上进行取舍。早期研发错误可能导致后期海军力量薄弱，而全面研发又会分散宝贵的研究资源。海军科技与其他兵种科技存在竞争关系，如何在不影响陆军和空军发展的前提下，规划合理的海军技术路线，需要玩家具备长远的战略眼光。某些关键海军技术的研究时间过长，这也延缓了海军形成战斗力的速度。
海军建设还受到游戏机制本身的限制。部分地图水域面积有限，降低了海军的活动空间和战略价值。海军单位无法像陆军那样快速补充，战损后的恢复周期较长。游戏中的海军作战反馈有时不够直观，玩家难以准确评估海战结果和损失交换比。这些机制上的限制，使得海军建设成为游戏中最具挑战性的系统之一，需要玩家付出更多学习和实践成本才能掌握。
海军在联合作战中的协同问题也不容忽视。与陆军和空军的配合需要精确的时机把握和位置协调，任何失误都可能导致作战失败。海军单位的速度差异使得混编舰队难以保持阵型，不同舰种的作战半径差异也增加了指挥难度。在多人游戏模式中，海军协同对团队沟通和执行力要求极高，这进一步放大了海军建设的挑战性。如何将海军有效整合到整体作战体系中，是玩家后期需要重点解决的问题。
