变更阵容队伍或调整祈愿目标，主要涉及两套独立的系统：一是针对特定活动（如祈愿分享或忍者许愿）中的忍者选择，二是在游戏各个玩法中调整出战队伍的阵容。要变更祈愿活动中的忍者，你需要在活动界面内找到绘马或相应的选择入口进行操作。而要调整战斗阵容，则需要在各个玩法入口或忍者界面中找到布阵或阵容调整功能来实现。两者的操作逻辑和目的不同，前者是为了获取特定忍者碎片，后者则是为了适配不同战斗场景的组合需求。
当你想要变更祈愿活动中的目标忍者时，需要特别留意活动规则。在类似周年庆祈愿分享或忍者许愿这类限时活动中，活动开启后玩家可以点击绘马选择心仪的礼物或忍者进行祈愿。如果中途想更换已选择的忍者，游戏内通常会提供更换功能，但这可能需要消耗少量金币。在早期的忍者许愿活动中，首次选择忍者会获得体验卡，更换忍者需要花费金币，且更换后可能无法再次获得体验卡。在活动初期选定目标前，最好结合自身已有忍者情况和强度需求谨慎决策，避免不必要的资源浪费。
关于如何选择祈愿忍者，这取决于你的游戏目标和忍者库存。如果追求实战强度，应优先考虑技能机制优秀、在决斗场或副本中表现稳定的忍者。如果为了收藏或激活特定称号，则应选择自己未拥有的、属于某个系列（如鹰小队或人柱力）的忍者。对于A忍选择，像仙鸣、忍战丁次这类高招或限定忍者往往性价比较高。对于B忍，则可以在奥摩伊、鹰水月等强度尚可的角色，或新春井野等具有收藏价值的角色间权衡。选择的核心原则是先弥补自身忍者收集的短板。
调整战斗阵容队伍是游戏的核心策略之一，其操作有通用方法。你可以在游戏的阵容调整界面，根据不同的玩法（如斗祭战场、排位战、副本等）预设多套阵容。调整时，需要进入对应玩法的布阵界面，从你已拥有的忍者中挑选三名组成小队，并可以自由安排他们的出场顺序。通常会将你最熟悉或起手能力强的忍者放在前面，以争取先手优势。游戏内通常设有推荐阵容功能，新手可以参考该系统根据自己已有的忍者进行搭配，但后期更需要自己理解忍者的技能和属性，进行合理搭配以发挥阵容优势。
调整阵容队伍不能脱离你的游戏阶段和资源储备。对于新手或战力偏低的玩家，应使用通过日常任务容易获取的忍者组成过渡阵容。度过新手期后，如果你是月卡玩家，可以利用月卡资源逐步获取强度更高的忍者来更新阵容。到了游戏中后期，阵容搭配变得多元化，你需要根据斗祭战场、生存探险、组队副本等不同玩法的特点，针对性调整阵容。在需要速刷的副本中，可能选择聚怪能力强或范围伤害高的忍者；在竞技场中，则更注重忍者的连招衔接和奥义打断能力。没有绝对最强的阵容，关键在于理解阵容间的相互克制关系。
组织祈愿是获取忍者碎片、从而扩充你可用于组建阵容的忍者池的重要途径，但它本身不直接用于调整战斗队伍。当你等级高于25级且加入组织超过72小时后，即可参与。你可以使用祈愿绘马许愿某个忍者的碎片，组织内其他成员可以将多余的碎片捐赠给你。但要注意，想对某个忍者许愿或捐赠，你必须先拥有一定数量的该忍者碎片。VIP等级会影响每次许愿可获得的碎片上限和每周可捐赠的总次数。每周一晚上会重置次数并补充绘马，积极参与捐赠也能为自己获得经验奖励和宝箱。这个系统能帮助你更高效地收集指定忍者碎片，为你的阵容变更提供更多的角色选择。
